Dalam periode waktu yang lama, pesantren telah diakui sebagai benteng moderasi Islam yang menjunjung tinggi kemanusiaan dan toleran, inklusif, dan damai. Pesantren juga diklaim memiliki komitmen terhadap nilai- nilai nasional dan konstitusi: Pancasila dan UUD 1945. Setidaknya, ini bisa dilihat dari pesantren yang berafiliasi dengan organisasi massa arus utama seperti NU dan Muhammadiyah. Namun, fenomena intoleransi dan indikasi kemunculan kembali, keinginan untuk mendirikan negara Islam telah terjadi di pesantren yang baru terbentuk yang tidak berafiliasi dengan organisasi massa arus utama. Penelitian yang dilakukan CSRC ini fokus pada pemeriksaan ulang apakah pesantren memiliki komitmen pada moderasi beragama, Pancasila, dan Republik Indonesia. Data penelitian yang dikumpulkan dari 41 pesantren di 8 provinsi, baik pesantren tradisional, modernis/reformis dan salafi, menunjukan masing-masing kategori memiliki aspek ketahanan dan kerentanan.